Zorlu Günler, 29 Aralık gecesi dedektif Yuji Kudo'nun annesini ziyaret etmek üzere yola çıkmasıyla başlıyor. Ancak bu sıradan gece yolculuğu, istasyonun polis müdüründen gelen bir telefonla kesintiye uğruyor. Müdür, Yuji'nin gizemli bir olayla bağlantılı olduğunu belirtiyor ve bu durum Yuji'nin hayatında zorlu günlerin başlangıcını simgeliyor.

Yuji, annesiyle ilgili hassas durumu ve yeni sorumluluğu arasında dikkatlice denge kurmaya çalışırken, olayların içine daha da çekiliyor. Film boyunca Yuji, hem annesinin sağlık durumu hem de gizemli olayın çözümü için mücadele ediyor. Bu süreçte, Yuji'nin karşılaştığı zorluklar ve aldığı kararlar, hikayenin akışını belirliyor.