USCSS Covenant adlı derin uzay keşif ve kolonizasyon gemisi, 2000'den fazla kolonistle birlikte Origae-6 gezegenine doğru yol alırken, bir hata sonucu farklı bir gezegene iniş yapıyor. Bu gezegen, Dünya'ya benzer yaşam koşullarına sahip olsa da, burada yaşayan varlıklar oldukça farklı ve tehlikeli. Koloni ekibi, bu varlıklarla karşılaşınca hayatta kalma mücadelesi vermek zorunda kalıyor.

Ekibin önemli bir kısmı, gezegene iniş yaptıktan sonra saldırıya uğruyor ve çoğu hayatını kaybediyor. Neomorph adı verilen yaratık, ilk saldırıdan sağ kalan ekibe de saldırarak bir kişiyi daha öldürüyor. Önceki Prometheus görevinden kurtulan David, bir Neomorph'u korkutup kaçırırken, diğer ekip üyeleri yaratıklar tarafından öldürülüyor. İnsanları içlerinden delip patlatarak öldüren bu yaratıklara karşı ekip, gezegenden kurtulmanın bir yolunu arıyor.