Film, Dorothy Gale'in Batı'nın Kötü Cadısı'nı yenmesinin ardından Oz halkının bu zaferi kutlamasıyla başlıyor. Elphaba Thropp, Munchkinland valisinin eşi Melena Thropp'un yeşil tenli kızı olarak doğuyor. Annesi, Elphaba'nın yeşil teni nedeniyle onu reddediyor. Yıllar geçtikçe Elphaba ve tekerlekli sandalyeye bağlı kız kardeşi Nessarose, Oz'daki prestijli Shiz Üniversitesi'ne kabul ediliyorlar. Üniversitenin gizemli yöneticisi Madame Morrible tarafından yönetilen bu okulda, Elphaba, yeşil teni nedeniyle diğer öğrenciler tarafından alay konusu oluyor. Ancak, başlangıçta Galinda Upland olarak bilinen genç Glinda ile beklenmedik bir dostluk kuruyor. Elphaba, istemeden sihirli yeteneklerini ortaya çıkardığında, Morrible onu kişisel öğrencisi olarak alıyor.

Dönem boyunca, Nessarose, Galinda'ya ilgi duyan neşeli bir Munchkin olan Boq Woodsman ile arkadaş oluyor. Elphaba ise, Galinda'nın aşık olduğu asi Winkie Prensi Fiyero Tigelaar ile tanışıyor. Shiz'in konuşan keçi profesörlerinden Dr. Dillamond, Oz'daki konuşan hayvanların artan baskı ve zulümle karşı karşıya olduğunu açıklıyor. Elphaba, bu adaletsizliklere karşı duyarlılık gösteriyor ve Dr. Dillamond'un durumunu düzeltmeye çalışıyor. Ancak, Dr. Dillamond görevden alınıyor ve yerine konuşamayan bir öğretmen atanıyor. Elphaba, bu durumu düzeltmek için Oz Büyücüsü ile görüşmeye karar veriyor.

Elphaba ve Glinda, Emerald City'ye gidiyorlar ve Oz Büyücüsü ile tanışıyorlar. Büyücü, Elphaba'nın yeteneklerini test etmek için ona bir büyü kitabı olan Grimmerie'yi veriyor. Elphaba, bir maymun olan Chistery'yi kanatlı bir maymuna dönüştürüyor, ancak bu deneyin, Büyücü'nün hayvanları kontrol etmek ve onları köleleştirmek için bir planının parçası olduğunu öğreniyor. Büyücü'nün aslında bir sahtekar olduğunu ve Oz'daki zulümlerin arkasındaki kişi olduğunu fark eden Elphaba, ona karşı çıkıyor ve kaçıyor. Glinda, Elphaba'nın kaçışına yardım ediyor, ancak Büyücü ve Morrible, Elphaba'yı Kötü Cadı olarak damgalıyor ve halkı ona karşı kışkırtıyor. Elphaba, Defying Gravity adlı şarkıyı söyleyerek kendi yolunu çizmeye karar veriyor ve gökyüzüne yükseliyor.