James T. Kirk amiral olmuş, eski ekibini yeniden toplamak zorunda kalır. Devasa bir uzay gemisi dünyaya yaklaşmaktadır. Geminin içindeki yaşam formları karmaşık ve güçlüdür. Atılgan'da işler karışır. Yeni komutan Williard Decker, Kirk'ün dönüşünden memnun değildir. Aralarındaki gerilim gemideki atmosferi etkiler.

Atılgan düşmanın eline geçer. Dümenci Ilia esir alınır. Geri döndüğünde Kirk'e önemli bir mesaj iletir: Devasa gemi yaratıcısıyla buluşmak istiyor. Aksi takdirde dünya yok olacak. Star Trek: The Motion Picture'da işler daha da karmaşık hale gelir.