Berlin'de eşinin vefatını öğrenen Kyle Pratt, uçuş mühendisliği mesleğini bırakıp hemen şehre doğru yola çıkıyor. Kocasının cenazesi ve kızıyla birlikte uçağa binerek geri dönmeyi planlayan kadın, defin işlemlerini gerçekleştirmek için sabırsızlanıyor. Uçuş sırasında gözlerini kapatan Kyle, kısa bir süre sonra açtığında kızıyla birlikte olmadığını fark ediyor ve uçağın her yerini kontrol etmeye başlıyor. Üst kattaki yolcuların bulunduğu alanlara bile bakıyor, ancak kızı hiçbir yerde yok. Hostesler, kadına sürekli olarak uçağa binerken yanında bir çocuk olmadığını hatırlatıyor ve uçak kayıtlarına bakarak böyle birinin uçağa binmediğini söylüyorlar. Bu durum, kadının kafasında soru işaretleri oluşturuyor ve Flightplan'da yaşanan bu gizemli olay, onun için bir kabusa dönüşüyor.