Vatikan'da, Papa Benedict ve yeni seçilen Papa Francis arasında gerilim yükselir. Benedict, geleneklere sıkı sıkıya bağlıdır, değişime mesafeli durur. Francis ise daha cesur adımlar atmak ister. İki papa arasındaki fikir ayrılıkları, Katolik Kilisesi'nin geleceğini şekillendirecek önemli kararlarla doludur. Benedict'in geçmiş deneyimleriyle hareket etmesi, Francis'in halkla daha yakın ilişki kurma çabaları, tartışmaları alevlendirir.

The Two Popes, bu iki liderin karşı karşıya geldiği meselelerin çoğunun aslında insanlıkla ve inançla ilgili olduğunu gösterir. Her iki papa da kendi bakış açılarını yeniden değerlendirir. Vatikan'ın içindeki dengeler sarsılır. Ortak bir noktada buluşurlar. Katolik Kilisesi için yeni bir dönem başlar.