Jojo Betzler, genç bir Hitler Gençliği üyesi. Annesinin evinde saklanan Yahudi bir kız olduğunu öğrenir. Kız çatı katında gizleniyor. Jojo bu sırrı korumak zorunda. Hayali arkadaşı Adolf Hitler ise ona sürekli yanlış şeyler fısıldıyor.

Jojo'nun kafasında çarpışan düşünceler var. Gerçeklerle yüzleşmek zorunda kalıyor. Annesiyle olan ilişkisi derinleşiyor. Jojo, hem ortamla hem de vicdanıyla mücadele ediyor. Jojo Rabbit'te cesareti ve kararlılığı test ediliyor.