Hikaye, dinozorlar üzerine araştırmalar yapan Samantha Mathis'in kazı çalışmaları sırasında başının belaya girmesiyle başlıyor ve genç kadının imdadına musluk tamircisi olarak tanıdığımız Mario kardeşler yetişiyor. Super Mario Bros. adıyla bilinen bu macerada, Mario ve Luigi, Samantha'yı kurtarmak için tehlikeli bir dünyaya adım atıyor. Dinozorların ve fantastik yaratıkların hüküm sürdüğü bu evrende, kahramanlarımız zorlu engelleri aşarak Samantha'yı kurtarmaya çalışıyor. Bu süreçte, hem birbirleriyle hem de karşılaştıkları düşmanlarla mücadele ediyorlar, böylece hikaye heyecan dolu bir hal alıyor.