Brooklyn'de tesisatçılık yapan Mario ve Luigi, yeraltında bir ana su borusunu onarırken gizemli bir borudan geçip sihirli bir dünyaya adım atıyorlar. Ancak bu olay sonucunda kardeşler ayrılıyor ve Mario, Luigi'yi bulmak için büyük bir maceraya atılıyor. Mantar Krallığı'nda Toad'un yardımıyla yola çıkan Mario, Prenses Peach'ten aldığı eğitimlerle gücünü keşfetmeye başlıyor.

Mantar Krallığı'nda Mario, birçok farklı yaratık ve engelle karşılaşıyor. Canavarlar, sinsi tuzaklar ve karmaşık labirentler, Mario'nun karşılaştığı zorluklardan sadece birkaçı. Ancak Mario, kardeşini bulma konusundaki kararlılığı sayesinde tüm zorlukların üstesinden gelmeyi başarıyor. Gittikçe güçlenen Mario, engelleri aşarak ve canavarları alt ederek Luigi'yi bulmak için durmaksızın ilerliyor.

Sonunda Mario ve Luigi bir araya geliyor ve Mantar Krallığı'ndaki maceralarını birlikte sürdürmeye karar veriyorlar. Bu fantastik dünyada birbirlerine olan güvenleri ve dayanışmaları sayesinde zorlukların üstesinden gelerek birlikte büyük zaferler kazanıyorlar.