1870'lerin sonlarında, Amerikan İç Savaşı gazisi Yüzbaşı Nathan Algren, Japon İmparatorluğu tarafından modern ordunun eğitimi için işe alınıyor ve Japonya'ya geliyor. Burada eski dostu Çavuş Zebulon Gant ve İngiliz tercüman Simon Graham ile tanışıyor. Ordunun deneyimsiz ve disiplinsiz olduğunu fark eden Algren, samuray lideri Katsumoto'nun başlattığı isyanı bastırmak için hazırlıksız bir şekilde savaşa gönderiliyor. Çatışma sırasında esir düşen Algren, samurayların köyüne götürülüyor ve burada onların yaşam tarzını, onur anlayışını ve savaş sanatlarını öğreniyor. Son Samuray olarak anılacak olan Algren, samurayların değerlerine hayranlık duyarak onların mücadelesine katılmaya karar veriyor ve İmparatorluk Ordusu'nun modern silahlarla donatılmış güçleriyle samurayların geleneksel savaş teknikleri arasında bir çatışma kaçınılmaz hale geliyor.