Ferreira adında bir öğretmenin Japonya'da bulunduğunu ve geri dönemeyeceğini öğrenen iki misyoner, onun peşine düşerek Japonya'ya cesur bir yolculuk yapıyor. Japonya'ya vardıklarında, yerel halkın inançlarıyla uyum sağlamakta büyük zorluklar yaşıyorlar ve dil engeli nedeniyle iletişim kurmakta güçlük çekiyorlar. Ancak kim olduklarını anlayan samuraylar, bu iki misyoneri yakalayıp hapse atıyor ve onlara acımasızca işkence ediyor. Silence adlı yapım, bu süreçte inançları uğruna verdikleri mücadeleyi ve karşılaştıkları zorlukları gözler önüne seriyor.