Gelecekte geçen Sıfır Teorisi, yalnız bir bilgisayar dahisi olan Qohen Leth'in hikayesini konu alıyor. Qohen, hayatın anlamını bulmaya çalışırken, gizemli bir proje üzerinde çalışıyor ve bu süreçte çeşitli engellerle karşılaşıyor. Çalıştığı şirketin patronu tarafından sürekli izleniyor ve bu durum onun üzerinde büyük bir baskı yaratıyor. Qohen, sanal dünyada tanıştığı Bainsley ile farklı bir bağ kuruyor ve bu ilişki, onun hayatını sorgulamasına neden oluyor. Tüm bu olaylar, Qohen'in kendi varoluşunu ve evrenin sıfır teorisini keşfetme çabasıyla birleşiyor.