The Wind Rises, genç bir mühendis olan Jiro Horikoshi'nin hikayesini anlatıyor. Jiro, çocukluğundan beri uçaklara ilgi duyan birisidir ve bu tutkusunu gerçekleştirmek için Tokyo'da bir üniversitede havacılık mühendisliği okumaya başlıyor. Üniversite yıllarında, İtalyan uçak tasarımcısı Giovanni Battista Caproni'nin hayaliyle karşılaşıyor ve onunla hayali bir dostluk kuruyor. Jiro, mezun olduktan sonra Mitsubishi Heavy Industries'de çalışmaya başlıyor ve burada Japonya'nın ilk modern savaş uçağını tasarlamak için çaba gösteriyor.

Jiro, iş hayatında başarılı olurken, kişisel hayatında da önemli gelişmeler yaşıyor. Bir tren yolculuğu sırasında Naoko adında genç bir kadınla tanışıyor ve aralarında bir aşk filizleniyor. Ancak Naoko'nun sağlığı bozuluyor ve bu durum Jiro'nun hayatını derinden etkiliyor. Jiro, hem kariyerinde hem de kişisel hayatında zorluklarla mücadele ederken, Naoko ile olan ilişkisini sürdürmeye çalışıyor. Tüm bu süreçte, Jiro'nun tasarladığı uçaklar, Japonya'nın savaş hazırlıklarında önemli bir rol oynuyor ve bu durum Jiro'nun iç dünyasında karmaşık duygulara yol açıyor.