1860'ların sonlarında Japonya'nın iç savaşı sürerken, ünlü kılıç ustası Hitokiri Battousai, hükümet üyelerini acımasızca öldürüyor. Shinsengumi'nin en seçkin savaşçıları bile ona karşı koyamıyor. Ancak bir gece, Battousai kendisi kadar yaralı bir kadın olan Tomoe ile tanışıyor ve bu karşılaşma, ikisinin de hayatını değiştiriyor.

Kenshin ve Tomoe, birbirlerine karşı karmaşık duygular beslerken, ilişkileri derinleşiyor. Tomoe, Kenshin'in geçmişini ve içsel çatışmalarını öğreniyor. İkili, birlikte vakit geçirirken, Tomoe'nun intikam planları da yavaş yavaş gün yüzüne çıkıyor. Bu süreçte, Kenshin'in içsel çatışmaları ve Tomoe'nun intikam arzusu, hikayenin gidişatını etkiliyor.

Tomoe'nun geçmişi ve intikam planları ortaya çıktığında, Kenshin kendini bir çıkmazda buluyor. Tomoe'nun intikamını gerçekleştirmek için yaptığı planlıyor, ikisinin de hayatını tehlikeye atıyor. Sonunda, trajik bir olay yaşanıyor ve bu olay, Kenshin'in hayatında derin izler bırakıyor. Kenshin, bu olayın ardından yeni bir yol çizmeye karar veriyor.