1944 yılında İspanya'nın Navarra bölgesinde, Ofelia ve hamile annesi Carmen, üvey babası Kaptan Vidal'in yanına taşınır. Vidal, faşist yönetim adına isyancıları temizlemekle görevlidir. Ofelia, üvey babasından uzak dururken, arka bahçede gizemli bir labirent keşfeder. Labirentin içinde Pan adında garip bir yaratıkla karşılaşır. Pan, Ofelia'ya bazı görevler verir.

Ofelia, bu görevlerle uğraşırken, çevresinde savaşın acımasızlığı devam eder. Carmen'in hamileliği ilerlerken, Vidal'in sertliği artar. Labirent, Ofelia için hem sığınak hem de sınav yeri olur. Pan'ın Labirenti, gerçek ile hayal arasında gidip gelen bir hikaye sunar.