Kirra, Avustralya'dan ayrılıp Güney Afrika'ya, hiç tanımadığı büyükbabasının yanına gider. Büyükbabası eski bir tema parkını işletmektedir. Parkın lagününde mahsur kalan küçük bir katil balina ile karşılaşır. Bu balinaya Willy adını verir. Willy, parkta beklenmedik bir ilgi yaratır.

Ziyaretçi sayısı artar, herkes bu küçük balinayı görmek ister. Ancak lagün küçük gelmeye başlar. Büyükbaba balinayı satmak zorunda kalabilir. Kirra, Willy'nin sürüsünü bulmak ve onu özgür bırakmak için yola koyulur. Zorluklarla dolu bu yolculukta hem kendisi hem de Willy için yeni bir hayat başlamaktadır.