Dört küçük kaplumbağa, radyasyona maruz kalınca insan boyutlarına ulaşır ve hayatları değişir. Metropolün yer altındaki kanalizasyon sisteminde yaşamaya başlarlar, burada Splinter adında bir fareyle karşılaşırlar. Splinter, kaplumbağaları dövüş sanatlarında eğitir ve onlara Michelangelo, Raphael, Leonardo ve Donatello isimlerini verir. Bu isimler, Rönesans dönemi sanatçılarından gelir. Kaplumbağalar, Splinter'ın rehberliğinde suçla mücadele etmeye hazırlanır.

Bir gün, televizyon spikeri April, kaplumbağaların varlığını keşfeder ve onların güvenini kazanır. April, kaplumbağalarla birlikte maceraya atılır. Ortak düşmanları Shredder, kötü niyetli planlarıyla karşılarındadır. Beşli, Shredder'a karşı durmaya karar verir.