Napoleon Dynamite, kendine özgü tarzıyla dikkat çeker, günlerini mitolojik yaratıklar çizerek geçirir. Bir gün, Pedro ve Deb adında iki yeni arkadaş edinir. Üçü birlikte okulda sınıf başkanlığı seçimlerine katılmaya karar verirler. Pedro, kampanya süresince farklı tarzıyla öne çıkar, bu da arkadaşları arasında heyecan yaratır.

Ancak Pedro'nun yaz boyunca kendini beğenmiş tavırları işleri karıştırır. Napoleon, bu durumu düzeltmek için bir plan yapar. Gizli bir avantajı vardır, belki de bu avantaj seçimleri kazanmalarına yardımcı olacaktır. Her şey bir anda değişebilir.