Ponyville, dostlarıyla huzurlu bir yaşam sürerken, derinlerden gelen karanlık bir güç bu barış dolu yeri tehdit etmeye başlıyor. Bu tehlikeyle başa çıkmak için en güçlü sihir olan arkadaşlık sihrini kullanmaya karar veriyorlar ve bu amaçla yola çıkıp yeni dostlar edinmeye çalışıyorlar. My Little Pony: The Movie'de, kötülüğün sona ermesi için fedakarlıklar yapmaları gerektiğini öğreniyorlar. Bu süreçte, dostluklarının gücünü keşfederek karanlık güçle mücadele ediyorlar ve Ponyville'i korumak için ellerinden geleni yapıyorlar.