Kenichi ve dedektif amcası Shunsaku Ban, Japonya'dan Metropolis'e gelir. Dr. Laughton'u bulmak için. Metropolis, robotlar ve insanların bir arada yaşadığı devasa bir şehir. Gizli laboratuarda arayışları sırasında büyük bir patlama olur. Kenichi ve Shunsaku yollarını kaybeder.

Patlamadan sonra Kenichi, hafızasını kaybetmiş Tima ile karşılaşır. Tima'nın peşinde Duke Red ve üvey oğlu Rock vardır. Kenichi, Tima'ya yardım etmeye çalışır. Ancak Tima'nın sıradan biri olmadığını anlar. Metropolis'in karanlık sırları yavaş yavaş ortaya çıkar.