The Innocents, Ida ve ailesinin yeni bir bölgeye taşınmasıyla başlıyor. Ida, otizmli ablası Anna ile birlikte yeni çevrelerine alışmaya çalışırken, telekinezi yetenekleri olan Ben adında bir çocukla tanışıyor. Ben, annesiyle yalnız yaşayan ve nesneleri düşünce gücüyle hareket ettirebilen bir çocuk. Ida ve Ben arasında bir dostluk gelişiyor, ancak zamanla Ben'in gerçek doğası ortaya çıkıyor.

Bu sırada, Aisha adında başka bir çocuk da Ida ve Ben'in dostluğuna tanıklık ediyor. Aisha, Anna ile bir bağ kuruyor ve Ben'in kötü niyetli olduğunu fark ediyor. Anna'nın hissettiklerini Aisha da hissedebiliyor ve Ben bu durumu kontrol edebiliyor. Ida, Ben'in tehlikeli olabileceğini anladığında, ablasını ondan korumaya çalışıyor. Ancak Anna'nın Ben ile karşılaşması olayların hızla gelişmesine neden oluyor ve film sona yaklaşıyor.