Pelin ve Caner, Köstebekgillerin en yakın dostları olarak karşımıza çıkarlar. Hikaye, Gölge adında bir karakterin etrafında döner. Gölge, geçmişte yaptığı kötülükler yüzünden ağaca dönüşmüş, ancak Köstan Amca onun iyi bir insan olması koşuluyla bu lanetten kurtarmıştır. Ne var ki Gölge, bu sözü tutmaz ve çalıştığı müzayede salonundan Kraliçe Soranın tılsımlı olduğu söylenen elbiseyi çalar. İşte tam o anda elbiseye dokunur dokunmaz içinde bulunan kötülükle birlikte Köstan Amcanın önceden yaptığı ağaç tılsımı devreye girer ve Gölge yeniden ağaca dönüşmeye başlar. Tam bu sırada ormanda Şahane Postum adında değerli taşlara ve kürklere düşkün bir avcı onu bulur. Şahane, Kraliçe Soranın elbisesine hayran kalır ve onu almak ister. Fakat elbisenin üzerindeki tılsımla birlikte Şahane de geyiğe dönüşmeye başlar. Durumu fark eden Gölge, kurtulmanın yolunun Köstan Amcaya gitmekten geçtiğini söyler. Ancak ne yazık ki Köstan Amca çoktan Köstebekyaya doğru yola çıkmıştır. Köstebekgiller 2 böylece peş peşe gelişen talihsizliklerle ve beklenmedik dönüşlerle ilerliyor. Gölge ve Şahane, Köstan Amcayı bulup bu büyüyü bozmak için çare aramak zorundalar. Ama yol hiç kolay değil, ormanda karşılaşacakları zorluklar ve zamanla yarışmaları işleri iyice karmaşık hale getiriyor. Hikaye boyunca karakterler hem kendi içlerindeki hem de dış dünyadaki engellerle mücadele etmek zorundalar.