John Murdock bir sabah uyandığında kendini tanımadığı bir otel odasında bulur. Nasıl geldiğini hatırlamaz, üstelik cinayet zanlısı olarak aranıyordur. Hafızası kayıptır, masum mu suçlu mu bilmez. Yeraltında yaşayan The Strangers adlı tuhaf yaratıklarla karşılaşır. Zamanı durdurabilir, dünyanın yapısını değiştirebilirler. İnsan zihnine hükmederler. Murdock, bu yaratıkların tehlikesini fark eder ve onları durdurması gerektiğine inanır.

Dr. Schreber, Murdock'a yardım eder. Çocukluğuna ve karısı Emma'ya dair anılarına ulaşır. Bu anılar, cinayetlerle ilgili ipuçları sunar. The Strangers ile mücadelesi, geçmişiyle yüzleşmesiyle iç içe geçer. Dark City'de her şey karmaşıklaşır. Anılarını hatırlamak, kaderini belirleyecektir.