Dünya'nın sular altında kalmasına çok az bir süre kala, Dave ve oğlu Finny adlı iki Nestrian, tüm hayvanları kurtarmak amacıyla inşa edilen Nuh'un Gemisi'ne ulaşmaya çalışıyor. Ancak Gemi'ye vardıklarında, Nestrianların burada bulunmaması gerektiğini öğreniyorlar. Hazel ve kızı Leah adlı iki Grymp'in yardımıyla Gemi'ye sızmayı başarıyorlar.

Gemi'ye sızdıktan sonra, Finny ve Leah dışarıda kalıyor ve su altında kalan dünyada hayatta kalmaya çalışıyorlar. Bu sırada Dave ve Hazel, farklılıklarını bir kenara bırakarak çocuklarını kurtarmak için Gemi'yi geri döndürmeye çalışıyorlar. Tüm bu olaylar, karakterlerin hayatta kalma mücadelesini ve birbirlerine olan bağlılıklarını gözler önüne seriyor.