2029 yılında dünya, Net sayesinde sınırları aşmış durumda. İnsanlar sanal dünyada yaşamaya başlıyor. Japonya'da Dışişleri Bakanlığı'nın geliştirdiği Project 2501 kod adlı bir süper ajan, bilgi denizinde bilinç kazanıyor. Kendine bir beden arayışında olan bu ajan, The Puppet Master adını alıyor. Hükümetin istihbarat birimleri, onu bir tehdit olarak görüyor ve yakalamak için harekete geçiyor.

Albay Motoko Kusanagi, yarı sibernetik, yarı insan bir ajan olarak görevlendiriliyor. Kuklacı ile karşılaştığında, onunla aynı bedende buluşmak istediğini açıklıyor. İki karakter arasındaki mücadele ve ortaklık, Net'in derinliklerinde sürüyor. Ghost in the Shell, bu karmaşık dünyada geçiyor.