Ghost in the Shell, insan ve cyborg karışımı bir özel ajanın, seçkin özel kuvvetler birimi Section 9'u yönetmesiyle başlıyor. Bu birim, dünyadaki en tehlikeli suçluları ve aşırı uçtaki tehditleri yakalamaya kendini adamış durumda. Ancak Hanka Robotic'in siber teknolojilerini yok etmeye çalışan bir düşmanla karşılaşmak zorunda kalıyorlar. Bu mücadele sırasında, teknolojinin ve insanlığın sınırları sorgulanıyor ve olaylar karmaşık bir hal alıyor.