Hayal Ülkesi Jauja, 1882 yılında Patagonya'da geçiyor ve Danimarkalı Yüzbaşı Gunnar Dinesen'in yaşadığı olayları konu alıyor. Yüzbaşı, yerli halka karşı gerçekleştirilen soykırım operasyonlarından birinde bir ileri karakolda görev yaparken, 15 yaşındaki kızı Ingeborg'un genç bir askere aşık olup evden kaçmasıyla asıl mücadelesi başlıyor. Ingeborg ve sevgilisi, bilinmezliklerle dolu düşman topraklarına doğru yola çıkıyorlar ve bu durum karşısında Yüzbaşı Dinesen, kızını bulmak için her türlü tehlikeyi göze alarak düşman bölgesine dalıyor. Yolculuğu sırasında doğaüstü ve gerçeküstü olaylarla karşılaşan Yüzbaşı, kızını ararken hem içsel hem de fiziksel değişimler yaşıyor. Bu arayış, geçmişin kayboluşu ve geleceğin anlamsızlaşması temalarıyla zenginleşiyor.