Boeing 747, rutin seferinde küçük bir özel uçakla çarpışır. Kokpit ekibi ya hayatını kaybeder ya da ağır yaralanır. Bu karmaşada, stewardess Nancy Pryor kontrolü ele almak zorunda kalır. Uçakta panik başlar. Hava trafik kontrolü, durumu eski pilot Alan Murdock'a bildirir.

Murdock, uçağı güvenli bir şekilde indirmek için paraşütle atlayarak içine girmeyi planlar. İçeride rahibe, ünlü bir kadın ve alkol problemi olan bir beyzbol oyuncusu gibi farklı yolcular vardır. Herkes kaosun içinde kendine bir yer bulmaya çalışır. Flight of the Intruder, bu gerilim dolu anları işler.