Hababam Sınıfı yine karışıklıklarla dolu bir döneme girmiştir. Okula doğudan gelen aşiret reisinin oğlu katılır ve kendini hemen ağa ilan eder. Sınıfın yaramaz öğrencileri bu durumu ciddiye almaz, onunla sürekli dalga geçerler. Okulun yeni öğretmeni ise tam bir erkek düşmanı; öğrencilerle sert bir mücadele içine girer. Bu sırada sınıfta iki öğrenci arasında bir aşk filizlenir. Kız hamile kalınca işler iyice karışır. Gebelik testini yapmaları için kimya öğretmeni Kalem Şakir'e giderler ama test sonucu şaşırtıcıdır. Kalem Şakir idrar örneğinin aslında kendisine ait olduğunu düşünür ve bu durum yeni karmaşalar yaratır. Tüm bu olaylar Hababam Sınıfı'nın alışıldık karmaşasını bir üst seviyeye taşır. Öğrenciler birbirleriyle ve öğretmenleriyle olan mücadelelerini sürdürürken, beklenmedik gelişmeler yaşanır. Okulda dengeler alt üst olur.