Snake Eyes, babasının ölümüne tanık olduktan sonra intikam arayışına giriyor. Babasının katilini bulmak için yola çıkarken, Arashikage klanına katılıyor ve burada bir savaşçı olarak eğitiliyor. Klanın lideri Storm Shadow ile karmaşık bir ilişki geliştiriyor ve bu süreçte G.I. Joe ekibiyle tanışıyor. Snake Eyes, klanın güvenini kazanmak için çeşitli sınavlardan geçiyor ve bu sırada kendi geçmişiyle de yüzleşiyor.