Kobra'nın dünya üzerindeki hakimiyetini engelleyen G.I. Joe ekibi, Nanomit'i etkisiz hale getirir ve Kobra Komutanı ile Destro'yu kaçmanın imkansız olduğu bir yeraltı hapishanesine hapseder. Dünyanın güvende olduğunu düşünen ekip, Pakistan liderinin suikaste uğramasıyla birlikte ABD başkanı tarafından yeniden göreve çağrılır. Görevi başarıyla tamamlarlar, ancak beklenmedik bir saldırıya uğrarlar ve birçok üyesini kaybederler. Geriye kalan Roadblock, Lady Jaye ve Flint, Beyaz Saray'daki bazı kişilerin kendilerine ihanet ettiğinden şüphelenir.

Ancak ekip, tahmin ettiklerinden çok daha büyük bir tehlikeyle yüzleşmek zorundadır. Ortada büyük bir karışıklık, kime güveneceklerini bilemezler. Her adımda yeni bir tehdit, her köşede bir tuzak. Zaman daralıyor, düşmanlar her yerde. Mücadele devam ederken, gerilim artar.