Fırtınalı bir gecede, genç bir adam bir balıkçı teknesinin mürettebatı tarafından sudan çıkarılıyor. Üzerinde bir lazer cihazı bulunan adam, bu lazerin bir İsviçre banka hesap numarasını gösterdiğini fark ediyor. Kendi kimliği hakkında hiçbir şey hatırlamayan adam, kendisini Zürih'te buluyor ve bankaya gittiğinde adının Jason Bourne olduğunu öğreniyor. Ayrıca kasada büyük miktarda nakit para ve sahte pasaportlar buluyor.

Jason Bourne, sevgilisi ve seyahat arkadaşı Marie ile birlikte Paris'e gidiyor ve geçmişini araştırmaya başlıyor. Ancak bir anda CIA tarafından düzenlenen bir suikast planının ortasında kalıyor. Bourne, hem hayatta kalmak hem de kimliğini keşfetmek için mücadele ederken, peşindeki suikastçılardan kaçmaya çalışıyor ve bu süreçte birçok tehlikeli durumla karşılaşıyor.