Amestris adlı bir ülkede, Resembool kasabasında yaşayan Edward ve Alphonse Elric, çocukluklarından beri simyaya büyük bir ilgi duyuyor. Anneleri Trisha ile birlikte sakin bir kırsal yaşam sürerken, annelerinin beklenmedik ölümüyle sarsılıyorlar. Annelerini geri getirmek için simya yeteneklerini kullanmaya karar veriyorlar ancak bu deney sırasında Edward sol bacağını kaybederken, Alphonse kendisini Gerçeğin Kapısı'nda buluyor.

Alphonse'u kurtarmak için sağ kolunu feda eden Edward, zamanla kaybettiği uzuvlarını ürettiği protezlerle geri kazanıyor. Bir gün, Albay Roy Mustang tarafından orduya davet ediliyor ve orduda çalışmanın kendi deneylerine büyük katkı sağlayabileceğini düşünerek teklifi kabul ediyor. Başarılı çalışmaları sonucunda Full Metal Alchemist unvanını kazanan Edward, insanları iyileştirme gücüne sahip olduğu söylenen filozof taşını bulmak için yola çıkıyor.