Shuta, Saku ve Michiru çocukluklarından beri birbirlerine sıkı sıkıya bağlı üç yakın arkadaştır ve hayatlarının her anını birlikte geçirerek büyümüşlerdir. Ancak bir gün beklenmedik bir olay gerçekleşir ve Saku genç yaşta kalp krizi geçirerek hayata veda ediyor, bu durum diğer iki arkadaş üzerinde derin bir etki bırakır ve zamanla aralarındaki bağ zayıflar. Olayın üzerinden yaklaşık bir yıl geçtikten sonra Shuta trenle seyahat ederken bir şeylerin yolunda gitmediğini hisseder ve gözlerini açtığında Saku'nun ölümünden önceki bir tarihe zaman yolculuğu yaptığını fark ediyor. Shuta, Saku'nun geçirdiği kalp krizine müdahale etmek ve onu hayatta tutmak için elinden geleni yapmaya karar verir, bu süreçte geçmişe dönerek arkadaşının hayatını kurtarmak için çeşitli çabalar sarf ediyor. Enoshima Prizması, Shuta'nın bu yolculuğu sırasında yaşananları ve arkadaşlıklarının sınandığı anları gösteriyor.