Amerikalı askerlerin Irak'taki Ebu Gureyb hapishanesinde görev yaptığı dönemde, bir asker ile Iraklı bir mahkum arasında beklenmedik bir dostluk gelişiyor. Asker, mahkumun insanlık dışı koşullarda yaşadığını fark ediyor ve bu durum, onun bakış açısını değiştiriyor. Ebu Gureyb'in Çocukları, bu iki karakterin arasındaki ilişkiyi ve savaşın gölgesinde yaşanan olayları gözler önüne seriyor. Asker, mahkumun hikayesini dinledikçe, kendi görevine ve içinde bulunduğu sisteme dair sorgulamalar yapmaya başlıyor. Bu süreçte, hem asker hem de mahkum, birbirlerinin hayatlarına dokunarak farklı bir yolculuğa çıkıyorlar.