Black Site, son derece gizli bir hapishanede görev yapan CIA ajanı Abby Trent'in hikayesini anlatıyor. Abby, Tesis adı verilen bu hapishanede yönetici yardımcısı olarak çalışıyor ve kısa bir süre sonra başka bir CIA merkezine geçmeye hazırlanıyor. Ancak, Hatchet isimli tehlikeli bir suçlunun hapishaneye getirilmesiyle işler karışıyor. Abby, Hatchet'in eşinin katili olduğunu düşünmeye başlıyor ve bu adamı durdurmak için her şeyi göze alıyor. Hatchet, sorgulanmadan kaçmayı başarıyor ve firar sırasında birçok özel ajanı öldürüyor. Tesis'in yöneticisinin de öldüğünü öğrenen Abby, artık bu hapishanede Hatchet ile yalnız başına kalıyor.