Joker ve Batman arasındaki düşmanlık, Joker'in geçmişine uzanan bir hikayeyle başlıyor. Bir zamanlar komedyen olan Joker, hamile eşiyle birlikte geçim sıkıntısı çekerken, istemeden de olsa suç dünyasına adım atıyor. Bu süreçte Batman ile yolları kesişiyor ve bir kimya fabrikasında yaşanan olaylar sonucunda kimyasal dolu bir havuza düşüyorlar. Bu olay, Joker'in ikonik halini almasına neden oluyor ve Batman ile arasındaki çatışmanın fitilini ateşliyor. Batman: Öldüren Şaka, bu iki karakterin karşılaşmasını ve aralarındaki karmaşık ilişkiyi gözler önüne seriyor.