Miles Scott, henüz 5 yaşında, lösemi tedavisi gören bir çocuk olarak en büyük hayalini gerçekleştirmek üzere San Francisco sokaklarında Batman gibi bir kahraman oluyor. Şehrin dört bir yanında düzenlenen etkinliklerle, Miles'ın hayali gerçeğe dönüşüyor ve bu süreçte birçok gönüllü ve yetkili ona destek veriyor. Batkid Begins, bu olağanüstü günü ve Miles'ın kahramanlık serüvenini gözler önüne seriyor. Şehirdeki insanlıyor, bu küçük çocuğun hayalini gerçekleştirmek için bir araya geliyor ve unutulmaz bir gün yaşanıyor. Miles, Batkid olarak suçla mücadele ederken, San Francisco da bir günlüğüne Gotham City'ye dönüşüyor.