Paddington, Brown ailesiyle birlikte Peru'ya, Emekli Ayılar Evi'nde yaşayan Teyzesi Lucy'yi ziyaret etmeye karar verir. Ancak Peru'ya vardıklarında Teyze Lucy'nin gizemli bir şekilde kaybolduğunu öğrenirler. Bunun üzerine Paddington ve Brown ailesi, Teyze Lucy'yi bulmak için Amazon yağmur ormanlarından dağ zirvelerine kadar uzanan bir arayışa çıkar.

Arayışları sırasında çeşitli ipuçlarıyla karşılaşırlar ve çözmeleri gereken sırlarla uğraşırlar. Bu süreçte Paddington, kendi köklerine dair önemli bilgilerle yüzleşiyor. Peru'nun büyüleyici manzaraları eşliğinde geçen bu yolculuk, Paddington ve Brown ailesinin Teyze Lucy'yi bulma çabasıyla devam ediyor.