Tokyo sokaklarında sıradan bir iş gezisi yapan adam, bir anda kendini beklenmedik bir olayın içinde bulur. Gözlerinin önünde, bir Ninja tarikatının lideri birini suikastle ortadan kaldırır. Bu olaydan sonra hayatı tamamen değişir. Artık suçlu Ninja kültü ve onlarla yüzyıllardır mücadele eden bir Samurai arasında kalmıştır.

İş adamı, bu iki eski düşman grubun arasındaki çatışmaya istemeden karışır. Her adımı dikkatli atmak zorundadır çünkü her köşede tehdit vardır. Ninja kültü ona hem düşman hem de tehdit gibi davranır, aynı zamanda Samurai tarafı da güvenini kazanmak için mücadele eder.

Zamanla iş adamı, bu karmaşık ve tehlikeli dünyanın içine iyice çekilir ve hayatta kalmak için yeni yetenekler öğrenmek zorunda kalır. Tokyo’nun gölgelerinde geçen bu mücadelede, geçmişin sırları ve günümüzün çatışmaları bir araya gelir. Sonunda ise bu iki efsanevi grubun arasındaki savaşın tam ortasında kalır. Tokyo gezisinde rastladığı bu olay onun hayatını geri dönülmez şekilde değiştirir.