Callum Lynch, genetik kodundaki sırları çözünce atası Aguilar'ın 15. yüzyılda İspanya'da yaşadığı olayları birebir deneyimlemeye başlar. Bu yetenek sayesinde, Suikastçiler olarak bilinen gizli bir topluluğun soyundan geldiğini fark eder. Aguilar'ın maceraları, Callum'un hafızasında canlı canlı canlanır ve ona yeni beceriler kazandırır.

Baskıcı ve güçlü bir organizasyon olan Tapınakçılar, günümüzde de etkisini sürdürmektedir. Callum, atalarından aldığı güçle, bu örgütle yüzleşmek zorunda kalır. Geçmişteki deneyimleri ve öğrendikleri, ona Tapınakçıların karşısında avantaj sağlar. Assassin's Creed filminde, geçmiş ve günümüz arasında gidip gelen olaylar, Callum'un mücadelesini ön plana çıkarır.