Arthur, Minimoylar diyarında yaşadığı maceranın ardından büyükbabasının evine döner. Bir gün, Minimoylar'dan acil bir yardım çağrısı alıyor. Prenses Selenia'nın tehlikede olduğunu düşünerek Minimoylar dünyasına geri dönmeye karar verir. Ancak bu yolculuk, düşündüğünden daha karmaşık hale gelir. Arthur, eski düşmanı Maltazard'ın tuzağına düşer. Maltazard, Minimoylar dünyasından kaçarak devler dünyasına geçiş yapmış ve insan boyutuna ulaşmıştır. Artık sadece Minimoylar'ı değil, Arthur'un kendi dünyasını da tehdit etmektedir. Maltazard, devasa boyutunu kullanarak insanların dünyasında kaos yaratmaya başlıyor. Arthur, Minimoylar boyutunda kaldığı için ona karşı doğrudan savaşmakta zorlanır. Betameche ve Prenses Selenia ile yeniden bir araya gelir. Birlikte Maltazard’ın nihai planını öğrenmeye çalışırken büyük bir çıkmaza girerler. Arthur, düşmanını durdurmak için büyük bir risk alıyor. Ancak savaş henüz sona ermez. Arthur ve dostları, daha büyük bir savaş için hazırlıklı olmaları gerektiğini anlarlar. Film, Arthur'un mücadelesinin henüz tamamlanmadığını gösteriyor.