Sean, Amerikan Ninja olarak bilinir. Tehlikeli bir görevde, deli bir bilim adamının geliştirdiği ölümcül virüsü durdurmak zorunda. Teröristler için tasarlanan bu virüs, dünyayı tehdit ediyor. Sean, virüsün yayılmasını engellemek için zamana karşı yarışıyor. Farklı mekanlarda sert mücadelelere giriyor, dövüş yeteneklerini kullanarak düşmanlarını alt ediyor. Bilim adamının planlarını bozmak için zekasını kullanıyor. Her adımda yeni tehlikelerle karşılaşıyor ama yılmıyor. Amerikan Ninja, sonunda virüsün yayılmasını durduruyor.