Yıl 2563, dünya büyük bir yıkımın ardından köklü değişimlere uğramış durumda. Cyborg cerrahı Dr. Dyson Ido, hurda yığınları arasında beyni sağlam bir cyborg buluyor ve ona Alita adını veriyor. Alita, yeniden hayata döndürülmesine rağmen geçmişine dair hiçbir şey hatırlamıyor, ancak hızla yeni çevresine uyum sağlıyor ve arkadaşlar ediniyor.

Alita, bir süre sonra geçmişine dair anılar yaşamaya başlıyor ve bu durum, düşmanlarının dikkatini çekiyor. Alita'nın tehlikeli geçmişiyle bağlantılı olan bu kişiler, onun peşine düşüyor. Alita, karanlık geçmişiyle yüzleşmek zorunda kalıyor ve bu süreçte kimliğini bulma yolunda adımlar atıyor. Düşmanlarıyla karşı karşıya gelirken, Alita'nın içindeki savaşçı ruhu ortaya çıkıyor ve bu mücadele, onun kim olduğunu anlamasına yardımcı oluyor.