Ajin: Yarı İnsan, ölümsüz olan ve parçalandıklarında bile kendilerini yeniden onaran Ajinlerin, Japon hükümeti tarafından insanlık dışı deneylere tabi tutulduğu bir dünyayı gösteriyor. Lise öğrencisi Kei Nagai, devletin eline geçtikten sonra yeni kurulan bir araştırma merkezinde korkunç deneylere maruz kalıyor. Ancak Sato adında eski bir Ajin, bir anda ortalığı karıştırarak herkesi öldürmeyi başarıyor ve Kei'yi kurtarıyor. Sato'nun gerçek hedefi, Japon hükümetine karşı bir direniş başlatmak ve geçmişte ona acı çektiren insanlardan intikam almak. Bu intikam arzusu, Sato'yu daha da tehlikeli bir hale getirirken, Kei'nin de bu karmaşık ve tehlikeli dünyada hayatta kalma mücadelesi başlıyor.