MS 391 yılında İskenderiye, Roma İmparatorluğu'nun önemli bir merkezi olarak dikkat çekiyor. Yunan filozof Hipatia, burada geleceğin liderlerinin eğitim aldığı bir okulda öğretmenlik yapıyor. Babası Theon'un kölesi olan Davus, Hipatia'ya derslerinde yardımcı olurken ona gizlice aşık. Bu sırada, Paganlar ve Hıristiyanlar arasındaki çatışmalar kentin Roma yönetimine karşı bir isyanın fitilini ateşliyor.

Hıristiyanlar putperest tanrıların heykellerine saldırmaya başlıyor ve bir rahiplerinin ateşte yanarak ölmesi, Orestes ve Theon'un da aralarında bulunduğu putperestlerin Hıristiyanlara karşı bir tuzak kurmasına neden oluyor. Ancak, sonraki çatışmada paganlar beklenmedik bir şekilde büyük bir Hıristiyan grubunun sayıca üstünlüğüyle karşılaşıyor. Theon ağır yaralanırken, Hipatia ve putperestler Serapeum Kütüphanesi'ne sığınmak zorunda kalıyor. Kütüphanenin Hıristiyanlar tarafından kuşatılması, Roma İmparatoru Theodosius I'in elçisinin putperestlerin affedildiğini duyurmasıyla sona eriyor; ancak Hıristiyanların kütüphaneye sahip olmasına izin veriliyor.