Aeon Flux, 2415 yılında Bregna şehrinde ailesini kaybettikten sonra intikam peşine düşer. Duvarlarla çevrili bu kentte, liderlere karşı çıkmaya karar verir. Yeraltı direnişinin başına geçer. Trevor Goodchild'a suikast yapma görevi alır. Ancak bu görev doğrudan verilmez, önce zorlu bir sınavdan geçmesi gerekir.

Fiziksel ve zihinsel sınavlar. Tehlikeler artar. Bregna'nın sert gerçekleri ve Trevor'un gücü işleri karmaşık hale getirir. Suikast planı mücadeleye dönüşürken, Aeon'un direnişi büyür. Olaylar hızla gelişir.