Nemo, Hintli bir prens olarak başladığı hayatını geride bırakıp denizlerin derinliklerine sürgün edilir. Kendi elleriyle inşa ettiği Nautilus adlı ileri teknolojiyle donatılmış denizaltıyla denizlerin altındaki bilinmeyen dünyaları keşfe çıkar. Mürettebatıyla birlikte okyanusların derinliklerinde yol alırken, karşılarına çıkan sömürgeci güçlerle mücadele ediyorlar. Her yeni keşif, onları denizlerin altındaki gizemli dünyalara götürür. Bu yolculuk sırasında Nemo'nun geçmişine dair sırlar açığa çıkar ve onu sürgüne iten olaylar birer birer gün yüzüne çıkar. Nautilus'un güvertesinde geçen bu macera, denizlerin altındaki tehlikelerle dolu bir serüvene dönüşüyor.