Special Ops: Lioness, CIA tarafından yürütülen gizli bir operasyon kapsamında oluşturulan özel bir ekibin faaliyetlerini konu alıyor. Sivil bir kadının bir hedefe yakınlaşabilmesi için programa dahil edilmesiyle başlıyor ve bu süreçte yapılan hazırlıklar, eğitimler ve saha görevlerini takip ediyor. Bölümler ilerledikçe ekip üyelerinin farklı ülkelerde gerçekleştirdiği operasyonlar, temas kurdukları kişiler ve görev sırasında karşılaştıkları durumlar gösteriliyor.